O CFN tem três objectivos fundamentais:

Realização de trabalhos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico em Física, Engenharia e Tecnologias associadas à Fusão Nuclear;

Formação de técnicos, engenheiros e físicos;

Colaboração no ensino de graduação e pós-graduação, na área da Física e Engenharia de Plasmas;

Para concretizar estes objectivos, o CFN possui:

Uma experiência toroidal, de plasmas quentes, por confinamento magnético: o Tokamak ISTTOK;

Laboratórios especializados em Micro-Ondas, Electrónica Rápida, Vácuo e Óptica Aplicada;

Um Contrato de Associação entre o Instituto Superior Técnico e a European Atomic Energy Community (EURATOM);

Acordos de Colaboração com várias Instituições estrangeiras que permitem o acesso a experiências de plasmas de fusão, de média e grande dimensão;

Participações activas no "European Fusion Development Agreement" (EFDA) e no "Mobility Agreement" do Programa de Fusão da Euratom;