O Presidente do CFN é escolhido pela Comissão Científica do CFN de entre os Professores Catedráticos ou Associados que trabalhem a tempo inteiro na Unidade, é ratificado pela Assembleia do CFN e é nomeado pelo Steering Committee do Contrato de Associação EURATOM/IST.

O Plenário da Comissão Científica é constituído por todos os membros e colaboradores do CFN, habilitados com o grau de Doutor.

A Comissão Coordenadora é constituída pelo Presidente do CFN, Responsáveis pelos Grupos Científicos, Membros Doutorados da Comissão Executiva e dois Doutorados co-optados pelos restantes membros da Comissão Coordenadora.

A Comissão Executiva é constituída pelo Presidente do CFN, dois doutorados e um funcionário não-docente ou Investigador, escolhidos pelo Presidente e ratificados pela Comissão Científica. Um dos doutorados atrás referidos desempenha as funções de Vice-Presidente.